Pri 50 do 90 % okuženih se prvi simptomi in znaki okužbe s HIV pokažejo kot akutni sindrom HIV. Od rizičnega dogodka do pojava akutnega sindroma HIV običajno mine čas od enega do šest tednov. Težave, ki jih navajajo okuženi, so lahko zelo različne; od blagih, prehladu podobnih znakov z otečenimi bezgavkami, do srednje težkih, podobnih gripi, razvije pa se lahko tudi vnetje možganskih ovojnic itd.

Najpogosteje imajo bolniki povišano temperaturo, se potijo, bolijo jih mišice, povečajo se jim bezgavke, navajajo slabost, lahko imajo tudi drisko, pogosto se pojavijo rdečkasti izpuščaji in ranice na koži, v ustih ali zadnjiku. V 2 do 4 tednih večina težav mine, utrujenost pa lahko traja še mesece.

Nato je lahko okuženi več let brez težav. Nekoliko pogostejše so lahko glivične okužbe, nekatere kožne težave, povečane bezgavke pa lahko ostanejo še iz časa akutnega sindroma HIV. Vendar pri nezdravljenih imunski sistem nezadržno propada, zato vse pogosteje nastajajo številne infekcije in obolenja, ki bi pri zdravih osebah potekala bistveno lažje ali pa se sploh ne bi razvila. Kožne težave se poslabšajo (izpuščaji, razjede, ponavljajoči se herpes, glivične okužbe ustne votline, spolovila itd.), zelo pogosti so kondilomi (anogenitalne bradavice) zadnjika in spolovila, pojavljajo se atipične pljučnice, hujšanje, driske in rakava obolenja (Kaposijev sarkom, limfomi, rak zadnjika itd.), okvare živčevja in v končni fazi popolna shujšanost, napredovanje rakavih obolenj in demenca AIDS. Posledice okužbe HIV se lahko odrazijo na vseh organskih sistemih.

Pri nezdravljenih se AIDS običajno razvije približno 10 let po okužbi s HIV.